Это очень общий вопрос.
Какая платформа планируется для разработки? Какая технология отчетов (2 основные: Web Intelligence и Crystal Reports плюс технология панелей показателей Xcelsius и технология исследования OLAP-данных Voyager)?
К тому же нужно учесть, что для BusinessObjects Enterprise/Crystal Reports Server/BusinessObjects Edge предоставляется готовый портал - InfoView (Java- и .NET варианты).
Ещё к тому же учесть, что есть KIT-компоненты для таких готовых порталов, как SharePoint, Oracle Portal Server, WebLogic Portal Server и WebSphere Portal.

А... Так и нужно ж было сказать, что требуется встроить вызов WI Java Report Panel (вызов java applet) в некое собственное приложение. Т.к. "портал" - это нечто совсем другое.
Итак, примеры вызова/использования Java Report Panel (для BOE XI R2 SP2), равно как и необходимые и достаточные описания, какие библиотеки при этом необходимы, какие классы использовать и т.п. приведены здесь:
Developer Library XI Release 2 Productivity Pack

Хм. Да, у BO в курсах по системе BOE рассматриваются такие вопросы, как проектирование архитектуры системы, безопасности, контента и т.п. Но нет среди них вопроса "проектирования схем документов" (просьба уточнить, что подразумевалось), как и навигации между отчетами. И инструментов для этого нет. Т.е. если требуется сделать нечто вроде схемы навигации по сайту - то для "разрисовки" этого есть соотв. продукты третьих фирм (без связи с BO). Однако это уже детали технологические, а технологические аспекты договорились не рассматривать...