Он embedded reporting engine.
соответственно надо настроить взаимодействие между машинами,
как то еще один JBOSS для JReport или можно RMI или сокеты слушать.
Я так понимаю что он отваливается вместе с jboss'om?
можно у jboss HA настроить, можно отчет генерить а если не отвечает то запускать новый JVM и снова генерить. А еще видел замену static HashMap внутрях у JReport на такой же пустой чтобы не валилось.
Посоветую не запускать параллельную генерацию отчетов, mkdir() иногда не создает один из каталогов в TEMP folder.