Ух, как интересно))
авторНа один сервер (одну гостевую систему) планируем установить и SQL Server и 1С Предприятие
Такое даже рекомендуется ибо в последних версиях 1с и SQL работают, через shared memory, a не TCP\IP
Правда, это касается физики, если виртуалки, надо почитать доки.
автор1. Планируем собрать кластер на базе Windows 2012 Server из двух физических серверов. Может быть есть какие-то подводные камни? Может быть более предпочтительна архитектура без кластера (просто иметь резервный сервер, по мощности аналогичный основному)?
Подводные камни могут быть: с ограничением выделения ресурсов для виртуалки, пожалуй все.
Кластер: штука хорошая, но понимайте минусы, что один сервер будет в "горячем резерве" и задействовать его нельзя.
В случае с СХД, можно обойтись без кластера, но в этом случае если отвалится хост, надо будет вручную перемонтировать виртуалки другому серваку - займет минут 10-15 (при квалификации), но минус в том, что для ОС виртуалок это будет как отключения кабеля питания, могут быть проблемы (хотя дисковые операции будут защищены СХД), из плюсов можно задействовать ресурсы второго сервера по другим нуждам.
автор2. Какую версию SQL Server лучше установить Enterprise или Standard, 2008 или 2012?
У Вас что, бюджет нерезиновый? Вы посчитайте лицензирование редакции Enterprise! Да и нужны ли Вам фишки редакции Энтерпрайз? Я сильно сомневаюсь. Да и смысл покупать старые версии софта (их или не купить илисняты с поддержки будут)?
автор 3. Какую версию Windows Server лучше установить 2008 или 2012?
Аналогично предыдущему ответу (2008 не купить, да и виртуалки на нем ограничены будут)
автор4. Антирвирус. Планируем устанавливать, но может быть есть какие-то подводные камни?
Ставить в исключение деятельность СУБД, 1С и прочего.
автор5. Какие необходимы характеристики процессора? (Количество процессоров, частота, кэш, количество ядер).
Зависит от операций, так на вскидку не сказать (больше лучше)))
автор6. Какое СХД лучше выбрать? И какой дисковый массив (сколько дисков, тип рэйда, скорость вращения, может быть SSD или диски с SSD-кэшем)
Большой ответ будет, лень писать)) Смотрите по поддержке на месте, а так же своих предпочтений вендора.
автор7. Сколько необходимо оперативной памяти?
Зависит от многих условий, так не сказать, универсально (больше лучше)
автор8. Корректно ли работает 1С с виртуализацией на базе Hyper-V?
В целом да, проблем нет, разумеется вычитайте накладные расходы на гипервизор.
автор9. Можно ли на "простаивающем" втором кластерном сервере развернуть виртуалки контроллера домена, небольшого терминала, антивируса и т.п. или пусть лучше стоит пустой?
Отсылаю к ответу 1

Вообще, это непростой проект, вам нужна норм контора с проектированием и железом, чтобы на месте пощупать и запустить, консультациями, обучением или промахи-провал на себя возьмете?
Ну и общее - сроки, бюджет?
Если что, контакты в профиле, пишите.

И да, на проект это как-то слабо тянет..Набросок за 5 минут перед совещанием да, да и то, на совещание я бы такое не потащил - Визио, ну в паинте на крайняк нарисовать, а говорить о стоимости проекта от 3 лямов - с таким отношением, гм..
Кроме этого, еще пару вещей нет в обсуждении.

автор3. 2008R2
Не продадут..Разве что ОЕМки искать, да и то проблематично. Но главное - это не будет поддержки ВМ 2 поколения, а так же их софтовой миграции в случае отказа хоста даже в безкластерной конфиге.
Я поэтому и предлагаю ТС обсуждать эти вещи, равно, как и бюджет..Лицензирование Энтерпарйз вещей - штука затратная.