Электролитические конденсаторы с одинаковой номинальной ёмкостью и разным предельным рабочим напряжением даже если и имеют несколько различную фактическую ёмкость – то, очевидно, разность ёмкостей настолько мала (лежит в пределах допуска), что можно просто не заморачиваться насчёт всего этого. (Очевидно, что любая грамотно составленная электрическая схема, и материнка в том числе, разрабатывается и тестируется с учётом допуска номинальных значений всех входящих в её состав элементов, в т.ч. и конденсаторов.)

Тем более что электролитические конденсаторы (в любых схемах; и на материнке, очевидно, тоже) ставятся не в составе колебательного контура (где точная ёмкость имеет значение), а либо для фильтрации, либо как разделительные в цепях между каскадами – так что даже плюс-минус процентов 20 ёмкости не имеет большого значения. Ну если уж поставить конденсаторы «совсем другой» ёмкости – тогда, конечно, цифровая схема по понятным причинам может либо работать нестабильно, либо даже вообще не работать. Но если ёмкости различаются на несколько процентов, а уж тем более на доли процента... – ну это уж точно не должно влиять на качество работы грамотно разработанной схемы.

Вообще, когда перестаёт (правильно) работать цифровая схема – та же материнка, например? Когда один или несколько электролитических конденсаторов вздуваются – т.е. очевидно, что их ёмкость падает в разы (а может быть и чуть ли не до нуля). Но чтобы грамотно составленная цифровая схема перестала работать из-за того, что ёмкость электролитических конденсаторов меньше на несколько процентов... – да не может быть такого. (Если такое произойдёт – претензия к разработчикам: явно слабое место в схеме.)