ну, все мы были неспециалистами, если что, а форум - он не только для специалистов (тоже - если что).

По сабжу: перемычки правильно выставьте на обоих винтах, тот, что на дальнем разъеме, поставьте Master, второй - Slave
Батарейку вынимать не бойтесь, БИОС просто вернется на заводские настройки

вообще убедитесь, что правильно подключили все. Без винтов систему включите.
У меня один знакомый так вколотил шлейф вверх ногами в разъем на винте :)

CS - это Cable Select, т.е. роль диска будет определяться в соответствии с его положением на шлейфе.
Т.е. мастер-слейв задаются как шлейфом, так и перемычками, ваша задача - чтобы противоречий не было.
Самый дальний от материнки разъем на шлейфе = Master, средний = Slave, нижний - сами понимаете, в мать втыкается. Кроме этого, есть Master и Slave на перемычках, если только вы не выбрали Cable Select. Система может виснуть на старте, если у вас там путаница.
Кстати, заставку БИОСа можно убирать, кажется, TABом. Тогда видно, что за нею.
Положение Master на некоторых винтах еще и бывает Master=On, Slave=Off, что не дает возможности подрубить второй винт (т.к. Slave этим отрубается)

CapLimit не трогайте, это ограничение емкости винта, чтобы на старых системах определялся.

Какая модель винта, какая мать?