стоят два винта.
samsung ide и WD sata.

samsung работает, но ОС грузить с включеным WD не хочет, пишет чего то про библиотеку hal.

если WD отключить от питания, ОС загружается нормально.

на WD тоже ОС, работает нормально, из неё видно винт самсунг, все работает, все как должно.

Что может быть причиной такого?

Подредактировал boot.ini на WD, обе ОС работают.

Но грузить данные то нужно с самсунга а не с WD, и в биосе самсунг стоит как первичный, WD вторичный.

ДжекНепотрошитель,
да очень просто, создал запись на винт самсунг с теми же параметрами что на нем же, только циферкой диск обозначил.