Конечно. Режим инкогнито в браузере означает всего лишь, что сам браузер будет локально сохранять информацию о сенсе (историю, куки и т.п.) лишь до конца сеанса. Трафик никак от этого не меняется.
И, кстати, на расширения этот режим тоже не распространяется.