Не вижу проблемы вообще, что там сложного-то может быть со служебными записками? 5 маршрутов и задача типичная.
Либо ваш интегратор просто п...ц какой тупой, либо вы мало денег заплатили ))).

Если брать общие советы, то

1 Написать цели проекта, не больше 3-4 коротких предложений (пишите нормальным языком, чтоб было понятно что хотите).
2 Назначить ответственным за проект 1 (Одного!) человека и дать ему полномочия спрашивать с остальных участников проекта.
3 Назначить круг лиц от вашей организации (обычно начальники отделов, 3-5 чел. НЕ БОЛЬШЕ), которые будут участвовать в постановке задачи.
4 Зафиксировать 20% процессов по которым вы сейчас работаете, т.е. ТОЛЬКО ОСНОВНЫЕ.
5 Если сходу видны узкие места в записанных процессах и исправления просты и очевидны оптимизировать их (если не очевидны то не трогать).
6 Утвердить написанное ТЗ и сроки.
7 Реализовать.
8 Проверить.

Замечания
1 Все замечания, пожелания, забытые документы и умные мысли которые не вошли в ТЗ записать в другом документе. Возможно, вы реализуете их на 2м этапе, первое ТЗ не менять.
2 Если вы зафиксировали процессы и ужаснулись того что увидели, то нужно отложить внедрение СЭД и сначала навести порядок в вашей организации.
Оптимизация бизнес процессов это одно, их автоматизация другое. Обе задачи достаточно сложны сами по себе, и мало у кого получается решать их одновременно.
3 Не слушайте консультантов, думайте своей головой.
4 Если в составленном консультантами ТЗ вам что-то непонятно, не нужно просить разяснений, нужно требовать написать так чтобы было опонятно.
5 ВСЕ российские и большинство зарубежных систем документооборота сосут. Одни больше, другие меньше, но в целом ситуация такая, конфетки не будет. Поэтому ставтьте простые, понятные и реальные цели.
6 К диаграммам только одно требование, они должны быть ПОНЯТНЫМИ, есл не удаётся нарисовать диаграмму пишите словами. Рисуйте такие например www.directum-journal.ru/images/1748220.jpg
Или наберите "документооборот" посмотрите какие картинки он вам найдёт и выбирайте те, что понятней.

Менеджер по продажам СЭД ;)