Jhon Doe, еще актуально?
Судя по всему ,речь идет о модуле Закупки

У нас процесс оприходывания ТМЦ на склад происходит в 2 этапа:
10. сначала создается поступление (transaction_type = RECEIVE)
20. потом тмц по данному поступлению попадает на склад (transaction_type = DELIVER)

возможна настройка модуля PO так, что между 1 и 2 операциями происходит еще одна операция:
15. контроль ТМЦ (transaction_type = ACCEPT )


Надо помнить, что совершенные транзакци могут быть скоректированны транзакциями CORRECT и/или RETURN TO RECEIVING/RETURN TO VENDOR

IC_TRAN_PND мы не использовали.

В вашем случае скорее всего было так
10. Создали поступление на все 1000штук, поэтому
"quantity_shipped = 1000 и shipment_line_status_code = FULLY RECEIVED"
и
"В rcv_transactions quantity тоже равно 1000 и transaction_type = RECEIVE"

20. Из этих 1000 штук скорее всего 100штук поступило на склад.

Смотреть транзакции можно в форме Получение - Транзакции получения
Также может случиться ситуация, когда транзакция создана ,но по каким-то причинам не выполнена. В таких случаях создаются так называемые "отложенные транзакции", смотреть и удалять их можно в форме Получение - Сводка статусов транзакций

P.S. не понял, что такое "Форма запрос позиции " - как ее запустить и что она показывает.