s_ustinovперечитал - не очень понятно - решил расшифровать
s_ustinovво первых, не совсем правильно говорить о двойном вводе
представим себе кладовщика. к нему доставили груз, он его проверил, разложил по полкам, составил документ (указав номер сопроводительного документа), в котором проставил только фактически прибывшее количество, распечатал, расписался.
единственное отклонение - прибыло непонятно что без документов - тогда просто положил в сторонке и тоже составил документ.

мастер в цехе получил полуфабрикаты, проследил, чтобы их правильно обработали и отдал продукцию на склад. и составил обо всем этом документы.

эти действия ПОНЯТНЫ пользователям (или должны быть понятны) и на этом уровне и кладовщику, и мастеру должно быть безразлично, что это - покупное или давальческое сырье - они об этом знать (и беспокоиться) не должны, и никаких действий для отражения этих нюансов в системе тоже не должны делать. и ОШИБОК по этому поводу тоже не будет.
но почти всегда им составляется огромная инструкция, где описывается куча вариантов их работы (действий в системе) в зависимости от того - а что же это такое - ТМЦ, МБП, ОС или давальческое сырье.

нужно понимать, что ввод данных о совершаемой операции и ввод данных о классификации операции с точки зрения бухучета - это не двойной ввод, а ввод РАЗНОЙ информации
Тут собственно несколько проблем - и в первую очередь эти проблемы не ERP системы.
Собственно приход ТМЦ на склад должен сопровождаться первичной документацией от отдела логистики/отдела закупок (собственно понятно - тех, кто организовывает покупку и осуществляет поставку товаров) - в учетной системе должны быть заведены заказы покупки, сравнивая который и первичку поставщика кладовщик должен принимать ТМЦ на склад. А то будет, как у нас бывало - пришло не то, не туда и не в том количестве.
Если одно и то же ТМЦ используется в качестве сырья и реализуется в качестве товара или является МБП, то процедуры у кладовщика (как человека, которые отвечает за наличие ТМЦ на складе, но не за порядок их учета в бухгалтерском учете) буду абсолютно идентичными.

Ну, если приводить в пример Nav, то первичным документом является Заказ Покупки, на основании которого бухгалтер/логист делает документ Склад Приемка. Именно последний документ является рабочим документом кладовщика и основанием для приемки ТМЦ на склад.