1.Какие СУБД поддерживает 1С?

1С 7.7 поддерживает MS SQL Server 2000, а также формат DBF
1C 8 поддерживает MS SQL Server 2005, Postgre SQL, DB/2, а также собственный формат данных

2.Все ли данные хранятся в таблицах и можно ли присвоить свои имена таблицам и колонкам(слышал, что 1С сама химичит с названиями)?

Все данные хранятся в таблицах. Названия таблиц и полей присваивает система сама, управление не поддерживается.

3.У кого был опыт синхронизации данных 1С с какой-либо другой системой, как вы это реализовали?

Система достаточно сложная, чтобы менять данные таблиц 1С непосредственно. Например, при присвоении записи в таблице некоторого документа статуса "проведен" происходит изменения нескольких других таблиц данных (отражения в разных аспектах учета). Поэтому рекомендую использовать штатный механизм системы: COM-соединения (в 7.7 только OLE). Минус: медленная работа.
По поводу синхронизации данных: в 1С 8 есть UUID (тот же GUID) по которому возможен поискзаписей и присвоение для новых записей. В 1С 7.7 несколько сложнее, но внешними компонентами можно получить также внутренний ключ записей объектов.