Тема безусловно очень интересная. Причём настолько, что подобный сервис мы недавно запустили ( moysklad.ru ). Мысли на эту тему следующие:

1) Самое главное - это, конечно, недоверие пользователей. Лет через 5 оно пройдёт, потому что тогда половина будет сидеть на on demand системах, но сейчас людям надо объяснять, что такое SaaS, почему он именно им нужен и выгоден.
Здесь есть хорошая аналогия с веб-почтой: сейчас люди совершенно спокойно шлют практически любые документы по GMail, mail.ru и им подобным - просто потому что привыкли. Следующий шаг - станут пользоваться Google Docs и подобными, ну а там и до полноценных SaaS систем недалеко.
Кстати, как правило люди не понимают, что безопасность данных стоит денег. Если просто поставить сервер на тумбочку в офисе, то психологически это конечно успокаивает, но в реальности... вы понимаете. У провайдера SaaS есть возможность вложить в безопасность такие средства, которые малый бизнес никогда на это тратить не будет.
(А ещё помимо безопасности есть бекап. Который обычно оказывается хорошо если недельной давности, когда он действительно нужен.)

2) Именно по причине, описанной выше, мы решили начать со складского учёта. Это менее чувствительная тема, чем бухучёт, тем более что у малого бизнеса (наша аудитория), бухгалтер часто приходящий, со своей программой. Поэтому от системы учёта требуется
a) показывать актуальную информацию по остаткам, стоимости и т.п. в онлайне
b) печатать накладные, счета-фактуры и проч
c) уметь выгружать приходные-расходные накладные в формате, который приходящая бухгалтер сможет загрузить в свою любимую 1С.

3) Технологический аспект. По юзабилити веб-приложения до сих пор не дотягивают до десктопных. Правда ситуация значительно улучшилась с появлением AJAX. Мы используем гугловый фреймворк GWT. Он позволяет разрабатывать AJAX интерфейс на Java - таким образом получается создавать достаточно сложные экраны, не влезая в дебри JavaScript.
Ещё есть интересный вариант Adobe Flex, который уже полностью избавлен от браузерных заморочек. Но с ним теряется одно из главных преимуществ SaaS - доступность из любого клиента с браузером.

4) Кастомизация. Это большая тема, сейчас не хочется в неё вдаваться. С этой точки зрения SaaS приложения действительно в чём-то ограничены по сравнению с традиционными. Но есть и преимущества, которые можно использовать.

iscrafmна чем-то основанные прогнозы или просто желаемое развитие событий?
Посмотрите на прогнозы IDC и особенно на последние телодвижения Microsoft, Oracle, SAP.

iscrafmхм... даже не подозревал, что суть SaaS в этом :) интересно.
В конечном итоге суть SaaS (как и любого ПО для бизнеса) - в уменьшении издержек и увеличении эффективности. Доступ к сервису из любого браузера - это одна из вещей, которые помогают этого достичь.

Кстати, по причине, описанной выше, мы думаем, что на сегодняшний день продукты SaaS выгоднее всего для малого бизнеса (речь идёт о замене существующих, а не полностью новых продуктах). У крупных компаний уже есть работающие внедрённые решения и ИТ-отделы с администраторами и разработчиками, которые делают кастомизацию и поддержку. Совершенно не факт, что для них переход на SaaS окупится в обозримые сроки. А для малого бизнеса поддержка ИТ инфраструктуры - это довольно это серьёзные расходы, которые можно ощутимо уменьшить за счёт аутсорсинга провайдеру SaaS. SAP Business One и NetSuite Small Business ориентируются как раз на эту нишу.

Вы совершенно правы, что наш продукт пока нельзя назвать полноценной WMS. Собственно поэтому мы используем термин "складской учёт", а не "управление складом". Впрочем, многие функции больших WMS для малого бизнеса не особенно актуальны. Но кастомизация данных, экранных форм, бизнес-процессов, интеграция с другими системами безусловно будут нужны.

strizhЕсли фирма требует серьезное шифрование канала, то каждый ее пользователь где-то должен хранить приватный ключ, то есть носить с собой флешку. А что мешает на эту же флэшку записать виндовое приложение?

C шифрованием канала вроде бы вполне справляется SSL. Кроме того, есть варианты с VPN - флешка с ключём совершенно не обязательная вещь.