В управлении НИОКР есть ряд специфических особенностей.
Для управления непосредственно работами можно использовать разного рода системы, имеющие функционал по сетевому планированию. Но часто требуется очень плотная интеграция с логистикой - учет договоров НИОКР, тематических карточек, заявок на НИОКР. Также особое внимание уделяется предварительному расчету стоимости НИОКР (структура цены, затраты в разрезе статей сметных калькуляций) и контролю фактических затрат на этапе исполнения договоров НИОКР. Также нужны отчеты о выполняемых и законченных НИОКР в порядке, установленном Госкомстатом и др.