2 Alexandr Kochmin

Сначала о разнице в целях.
Фискальным органам выгоднее получить с организации налоги как можно быстее, поэтому, скажем, если у предприятия реализация учитывается по факту оплаты, то в целях налогового учета организация показывает реализацию по факту отгрузки (т.е. налоговой не важно, получил ты деньги или нет, она считает, что раз отгрузил - значит продал. А огранизация денег еще не получила, так что она это прибылью не считает) Это маленький пример, чтобы стало понятно, почему учетов много.
А вот для управленческого учета необходимо знать, на сколько прибыльно то, что делает предприятие. Поэтому для этих целей больше подходит учет бухгалтерский. Просто принято считать, что не с той степенью детализации (принято - это потому, что сейчас время и бизнес часто требуют довольно большой точности для принятия решений).

Как проще разобраться в рассчетом прибыли:
Возьмите книгу типа "План счетов бухгалтерского учета с комментариями", посмотрите, как формируется счет 90, с какими счетами корреспондируется, и затем за эту ниточку тяните. Думаю, что Вы разберетесь. Ну и спросите, если что.