не знаю как под линухом, а под виндой заставить работать очень просто - в папку plugins скопировать NPJinit-11816.dll (или подобную для других версий jinitiator) из директории bin jinitiator-а. Под линухом должно быть еще меньше проблем. Кроме того, формочки можно заставить работать под Sun JVM 1.3.1 и выше, установленной на клиенте (и видной в браузере) - для этого надо править файл запуска формочек на апликейшн сервере, для того чтобы он при запуске в браузере активировал именно Sun JVM, а не jinitiator