Не знаю насчет Спб, но Москва работает на EFAS.
----- начало цитаты----------
ПОСТАНОВЛЕНИЕ ФАС МОСКОВСКОГО ОКРУГА от 19.04.2005 N КА-А40/2304-05
...Выводы суда сделаны без учета представленных в материалы дела документов, разъясняющих порядок осуществления связующих проводок в использованной налогоплательщиком электронной программе бухгалтерского учета EFAS (применительно к счету 62). Заявитель приводит доводы о том, что дополнительные обороты по счету 62, возникающие в связи с использованием названной программы бухгалтерского учета, не увеличивают реальных оборотов заявителя по реализации. По счету 62 налогоплательщиком показаны обороты с учетом специфики применяемой им бухгалтерской программы EFAS, не влияющей на данные бухгалтерской отчетности. Доводы, связанные с использованием вышеназванной программы бухгалтерского учета, судом не проверялись.
Между тем Закон РФ от 6.12.1991 "О налоге на добавленную стоимость", действовавший в спорный период, не относит обороты по счету 62 к объектам налогообложения, поскольку технические проводки, обусловленные особенностями, в том числе, компьютерной системы учета, не являются основанием для возникновения, прекращения или изменения обязанности по уплате налогов и сборов применительно к ст. 44 НК РФ.
В соответствии с п. 1 а) ст. 3 названного Закона объектом налогообложения по НДС являлись обороты по реализации на территории РФ товаров, выполненных работ, оказанных услуг.
--------конец цитаты----------