strizh1) Если выбрать решение от 1С (белая бухгалтерия работает с ней), то как учитывать остальные обороты, которые в 1С никак не светятся ?
В ИНФИН имеются так называемые "проводки с черной меткой", которые никак не влияют на содержимое всех отчетов до тех пор, пока не будет введен специальный пароль для просмотра результатов вместе с проводками с черной меткой. Вводить проводки с черной меткой могут также не все, а только те, у кого имеются соответствующие права. Однако, это все вилами по воде писано. В базе данных в любом случае имеются ВСЕ проводки, и специалист их при желании может выцепить.
strizh2) Если все-таки решить, что все факты фин.деятельности (приход-расход денег и пр. ресурсов) должен проводиться по всем учетам сразу одним человеком, то тут столкнемся с недостаточной квалификацией людей, которые, к примеру, не станут разбираться, что сумма 10000, перечисленная фирме N, привела к расходу 5000 по статье "Оплата поставщику", и 5000 - по статье "Краткосрочные фин.инвестиции", а не все 10000 на первую, так как остальные 5000 были выданы как кредит под импортную операцию, связанную с завозом некоего нового станка, на котором нужные комплектующие будут делаться вдвое быстрее.
Да, это проблема. Обычно ее решают таким образом. Бюджетирование и бухучет не валят в одну кучу. Бюджетированием занимаются финансисты в относительно несложной самопальной программульке. А бухгалтера занимаются бухгалтерским учетом. Правда, при этом возникает проблема двойного ввода информации о тех же платежах. С другой стороны, в бухучете имеются счета 90 и 91, на которых в соответствии с ПБУ, планом счетов и инструкцией по его применению ведется учет доходов и расходов. В большинстве случаев отражаемая на этих счетах информация совпадает с финансовой. Специально для ситуаций в которых требования финансового учетат расходятся с требованиями бухгалтерского учета, можно задействовать специальные забалансовые вспомогательные счета, на которых учитываются разницы (например, в бухучете в состав расходов может попасть сумма, по которой расхода денежных средств еще не было). Примерно по этой же схеме многие выкручиваются с различиями бухгалтерского и налогового учета - и ничего, нормально. Если вы не хотите, чтобы к разностным счетам имели доступ все бухгалтера, настройте соответствующим образом права доступа.
strizh4) Очень разнятся названия сущностей бухгалтерского учета, оперативного управления, бюджетного управления, поэтому специалисты соответствующих отделов изначально говорят на разных языках
Очень тонко подмечено. Методы тоже разнятся. Нет на рынке продутков, которые позволяют полноценно вести:
- Российский бухучет
- МСФО
- Налоговый учет
- Черный и белый учет
- Управленческий учет
Есть продукты, поддерживающие 3-4 из перечисленных, но не все сразу. Разумеется, можно самопальным образом настроить требуемое в той же Axapta или в 1С, но на этой уйдет много сил и времени. Можно, в принципе, пойти другим путем. Взять продукт, в котором есть наиболее существенные для вас компоненты, а то, чего нет, делать собственными силами хотя бы в Excel.

Прдон, о том, что речь идет об Украине, я как-то мимоходом забыл :)... Так что проблемы налогового учета и счетов 90-91 пришлись ни к селу, ни к городу.
Тем не менее, ИНФИН сгодится и на Украине. План счетов настраивается так как вам заблагорассудится. Насколько мне известно, любые российские продукты могут свободно продаваться на Украине.