не. индексы не стоит строить из SQL. Обычно системы игнорируют те объекты, которые не описаны внутри систем. Поэтому индексы, создавать надо в системе.

Как обычно, поделить на файловые группы.
файловые группы разнести на разные диски.
Для Оракла поиграться с сегментированием.
Обязательно разнести лог транзакций на отдельный диск.

Стоит поиграться с параметрами типа auto update statistics, auto shrink.
Такие операции лучше вынести в maintanance plan и выполнять ночью, чтобы не тормозить работу менеджеров в течении дня.

Стоит следить за автосоздаваемыми индексами. Пользователи могут искать с произвольными фильтрами. MS SQL по-умолчанию будет автоматически добавлять индексы. Такие индексы могут сильно захламить структуру. Лучше подумать и если нужно создать индекс в системе.

Обязательно собирайте статистику и смотрите на планы выполнения. Обязательно выявляйте table scan.

И т.п. Многое есть в статьях на этом сайте.

я не про то.
согласен индексы - дело хорошее и используются СУБД.
просто системы обычно сами следят за структурой и самостоятельно пересоздают таблицы и индексы.
Поэтому создавать индексы со стороны СУБД может быть бесполезно, поскольку система может самостоятельно пересоздать их.
Индексы лучше определять внутри ERP-системы.