Насколько я понимаю себе задачу, главное, с чем нужно определиться - это с ее границами. Если вас что-то перестало устраивать Excel, то скорее всего это связано с отсутствием части информации, в которой имеется острая необходимость и которая, возможно, отчасти формируется за пределами того рабочего места, на котором Excel запущен.

Если речь идет о фильтрации, поиске и т.п., то этот функционал в Excel присутствует. Могут быть проблемы с качественным контролем ошибок ввода, но и они вполне прилично могут быть обработаны (особенно, с помощью макросов). Большие объемы информации в XLS-файле приводят к его долгой загрузке (до 20 минут мне приходилось видеть) и низкой надежности - чем файл больше, тем выше вероятность повреждения его структуры при операциях записи. Но, как я догадываюсь, это не самые главные проблемы. Проблема в том, что с информацией одновременно должны работать несколько человек , что эта информация для разных рабочих мест должна быть по-разному структурирована, и пользователи этой информации не должны вносить взаимных помех при ее использовании.

Вот тут и следует определиться с границами задачи. Если, например, склад находится в одном месте, а решение об отгрузке со склада чего-либо принимается в другом, то судя по всему, должен быть механизм помещения в систему информации о предполагаемых поступлениях ТМЦ и заявки на отгрузку (или доверенности, или наряд-заказы - это у кого как принято). Самой существенной особенностью тут является место формирование информации - это НЕ СКЛАД .

Короче, сначала нужно определиться с границами бизес-процессов, которые должно охватить решение. И только после этого выбирать программный продукт. Может статься, что вам нужна не складская система, а полноценная ERP... :)