Вас интересует именно учетное ПО ?
Чтоб учитывать этапы работ и их оплату, клиентов, выставлять счета, вести остальную бухгалтерию ?
Вы это хотели ?

Вам подойдет любая учетная система, где реализован учет услуг (работ).
Например, в строительстве. Строим сайт или коттедж - этапы работ, исполнители, ресурсы, счета, их оплата ...
В реальности, для 95% WEB-студий можно ставить любую учетную программу, которая поддерживает бухгалтерский учет конкретно вашей страны - просто объемы данных в ней будут маленькими по сравнению с объемами товарной купипродайки, и поэтому можно мириться с всякими несообразностями и неудобствами.