Возможно, проблема не в Парусе, а в законодательстве. Законодательство требует, чтобы каждый год на вычеты каждым сотрудником подавалось заявление. Возможно, в систему не введена информация о вновь поданных заявлениях.

Вычеты по НДФЛ (насколько я понял, речь идет о нем( предоставляются по заявлению физического лица и подтверждаются справкой. В соответствии с законодательством вычеты предоставляются на период срока действия предоставленной справки и права на вычет. Вычеты могут стать равны 0 просто потому, что дети достигли совершеннолетия, либо потому что истекли сроки действия справок. Или вы уверены, что ничего подобного не случилось?