В Парусе используется неоптимальный алгоритм формирования товарных отчетов, кардинальный способ - его переписать, что многие рано или поздно делают - быстродействие повышается на два порядка.
Если это тяжело, попробуйте изменить параметры Oracle - в первую очередь размер буфера сортировки. Также можно запустить процедуру в отладчике PL-Sql Developer, определить где виснит и подправить кусок. Также можно обратиться в Парус или консалтиноговые структуры - цена вопроса без гарантии решения от 1000$. Кроме того можно вообще обойтись без товарных отчетов - написать процедуры формирования проводок непосредственно из складских документов и вызывать их при отработке в складскох учете.
Если ничего не делать, дальше, по мере роста базы, будет все хуже.