Проба сил№ Cтоимость предполагаемых затрат по времени умножаешь на среднюю ставку спецов в своем регионе и на два (времени потребуется всегда в два раза больше чем расчитывал заказчик ).
К системе не привязывается... Особенно если 1С.

Как раз в этом и сложность определения - время на выполнение тех или иных работ. Один может что-то сделать за месяц, а другой за три.
А вообще, это самый неправильный путь: приобретение системы, а потом раздумья: а что же в ней делать?
Надо определять задачи, которые стоят при автоматизации, потом выбирать внедренца, который докажет, что он эти задачи может внедрить (при этом крайне желательно представление претендентами реального опыта внедрения на иных предприятиях). Лучше будет, если таких претендентов будет несколько. Они и предложат интегрированную стоимость: системы+работы.
Тогда и выбирать можно.