Бухучет отличается от налогового. В некоторых аспектах - весьма существенно. Отличия могут касаться как собственно того, что может быть или не может быть включено в состав доходов и расходов в принципе, так и момента отнесения в состав расходов и доходов того, что туда относится в БУ и НУ. В частности, примерно то, что в БУ считается "основными средствами", в НУ называется совершенно другим термином "амортизируемое имущество", причем, критерии отнесения активов в состав "основных средств" и в состав "амортизируемого имущества" отличаются в некоторых деталях, из-за которых некоторые объекты ОС, которые числятся таковыми в БУ могут просто не попасть в состав "амортизизируемого имущества" в НУ. Имеется масса лимитируемых в НУ видов расходов - представительские расходы, расходы на рекламу, расходы на уплату процентов по кредитам и займам, командировочные расходы и ряд других, которые принимаются либо в состав расходов, либо в состав внереализационных расходов в БУ полностью, а в НУ принимаются только в определенных пределах.

Одно из наиболее "заморочных" отличий БУ и НУ касается основных средств (амортизируемого имущества), поэтому понимание отличий в учете ОС становятся корнем к пониманию отличий вообще БУ и НУ. Мало того, что балансовая (первоначальная) стоимость объектов в БУ и в НУ может отличаться, может отличаться также способ начисления амортизации (в НУ он обязан быть только линейным, а в БУ можено использовать еще два других), но даже при одном и том же способе начисления амортизации сумма начисляемой амортизации в БУ и в НУ может получиться разная. Это связано, в частности, с отличиями в БУ и НУ учета модернизаций - в БУ амортизация начисляется исходя из "срока полезного использования" (СПИ), а в НУ амортизация начисляется, с первого взгляда, вроде бы тоже на базе СПИ, но если внимательно вчитаться в формулировки, то СПИ пересчитывается в нечто подобное "норме амортизации", поэтому фактический срок амортизации при проведении модернизации в БУ может не измениться, а в НУ он изменяется в любом случае. Иными словами, если учет начисляемой амортизации в БУ и в НУ до модернизации не отличался, то после проведенной модернизации ежемесячная амортизация в БУ и НУ неизбежно станет разной.
То, что в БУ может учитываться как объект ОС, в НУ может вообще не фигурировать как объект "амортизируемого имущества". Такова ситуация, например, с основными средствами "непроизводственного назначения". В то же время, если такой объект продается, то в НУ, поскольку по нему возникли доходы, ранее сделанные расходы могут быть признаны в момент реализации, вот только как расходы по "прочему имуществу", а не по "амортизируемому имуществу" (этот нюанс, кстати, совершенно не проработан в типовой 1С: УПП).

Если в каком-либо виде учета ежемесячная амортизация превышает амортизацию в другом виде учета, то понятно, что в одном виде учета объект быстрее будет самортизирован до 100%, и амортизация на него начисляться перестанет, а в другом виде учета еще некоторое время будет продолжать начилсяться. То есть, в одном виде учета амортизация быстрее относится в состав расходов, но после того как ее начисление остановится, в другом виде учета отнесение в состав расходов может "догнать" и даже "перегнать", но не сразу, а со временем. Поэтому на счетах 09 и 77 специально ведут учет разниц между БУ и НУ, но только временных, которые должны быть в будущем компенсированы - это "отложенные налоговые активы" (ОНА) и "отложенные налоговые обязательства" (ОНО). Те же разницы, которые не могут быть никаким образом со временем компенсированы, учитываются на счете 99 в составе "постоянных налоговых обязательств" (ПНО) или "постоянных налоговых активов" (ПНА) (в зависимости от знака разницы). Постоянные разницы могут быть связаны, например, с различной оценкой объекта ОС в БУ и НУ (его разной первоначальной/балансовой стоимости).

В случае реализации объекта ОС с убытком бухгалтерский убыток признается в момент списания, а вот налоговый списывается равными долями на протяжении оставшегося срока полезного использования. То есть, даже если до момента продажи объекта учет в БУ и в НУ по счастливой случайности не отличался, то с момента продажи объекта с убытком он отличается. Что придает особую пикантность этому нюансу, что списание убытка от реализации подобно начислению амортизации, вот только такое начисление может производиться на протяжении нескольких лет после того, как объект ВЫБЫЛ ИЗ СОСТАВА УЧЕТА (то есть, его уже "давно уже нет" ни в БУ, ни в НУ :) ).

Теперь по сути заданного вопроса. Для ведения учета в БУ используются бухгалтерские счета, состав и назначение которых регламентировано законодательством РФ. Для НУ вот такого "плана счетов" законодательством не зафиксировано, имеются лишь описание требований к так называемым "регистрам налогового учета" - набор параметров, который в них должен быть учтен. Реализовать учет в НУ подобно тому как он ведется на счетах БУ можно. И даже, более того, налогоплательщик волен пронумеровать эти счета так как ему заблагорассудится. При этом, конечно же, необходимо соблюсти набор требований по реквизитам, учитываемым в том или ином налоговом регистре.

В бухгалтерском ПО обычно используется отлельный "план счетов НУ" для ведения НУ. На таких счетах можно делать проводки с нарушением принципа двойной записи (как это делается на забалансовых счетах). При работе "от документа" (как это принято, например, в 1С) пользователь заполняет форму документа, а обработчик проведения сам отражает на соответствующих счетах БУ и НУ соответствующие проводки (при этом пользователь может до некоторой степени управлять этим процессом). Брать данные для учета в НУ из учета БУ, либо для учета в БУ из учета в НУ в общем случае и "на полном автомате" - НЕЛЬЗЯ ! По той простой причине, что в некоторых случаях таких данных к моменту отражения в соответствующем учете там может просто не быть, либо они могут быть неполными. Однако, можно автоматизировано копировать данные из одного учета в другой под зорким надзором и управлением бухгалтера, при условии, что он может вмешаться в процесс и отразить одну и ту же операцию в разных видах учета совершенно по-разному, либо отразить ее только в одном виде учета. В ИНФИНе, например, функционал так называемых "стандартных операций" и "автоматических операций" позволяет повторять подконтрольно выполняющему проводку бухгалтеру данные в одном виде учета, опираясь на данные, введенные в ПРОВОДКУ (а не только в документ) в другом виде учета, и при этом у бухгалтера есть возможность выполнить проводки только в БУ или только в НУ. В ряде случаев в ИНФИНе такие проводки удобно делать сначала в БУ, затем копировать в НУ, в ряде случаев наоборот, а в ряде случаев можно использовать работу "от документа", как это принято в 1С. В любом случае для ведения учета в НУ как ИНФИН, так и 1С, а также множество других бухгалтерских программ предполагаю использование отдельного плана счетов для БУ и для НУ, на которых отдельно отражается каждая хозяйственная операция.

Далее необходимо "уметь" распечатывать содержимое оборотно-сальдовых ведомостей, ведомости по начислению амортизации и т.д. как "налоговый регистр" с соблюдением требований по детализации в нем информации. То есть, с выделением объектов учета, чтобы было видно, что именно и как именно амортизируется, на основании каких данных, что когда было реализовано с убытком, каков был этот убыток, каким был СПИ при выбытии, какая часть этого убытка соответствует списанию за один месяц, сколько времени осталось списывать убыток. Для лимитируемых расходов желательно показать расчет базы, расчет размера лимита, показать фактические расходы и, чтобы было уж совсем ясно-понятно, желательно (но уже не обязательно) показать еще и сверхнормативные расходы - в этом случае у проверяющих будет минимум вопросов.

Вообще, законодательство позволяет не заводить полностью отдельный план счетов для ведения НУ, а использовать счета БУ на тех участках, на которых разниц между БУ и НУ не возникает, и при условии, что аналитический учет на этих счетах достаточно детализирован, чтобы выполнить требования для ведения налоговых регистров. И использовать отдельные налоговые регистры, на которых ведется либо учет разниц БУ-НУ, либо собственно НУ, либо и то, и другое только на тех участках учета, на которых возникают отличия между БУ и НУ. У меня есть опыт разработки системы вспомогательных счетов для ведения учета именно таким образом... :) Ряд автоматически формируемых отчетов выбирает по заранее заданному алгоритму часть информации с бухгалтерских счетов, а часть со вспомогательных счетов, сводит всё это вместе и в итоге автоматизировано формирует и налоговые регистры, и декларацию по налогу на прибыль. Однако, следует заметить, что такой способ я бы не стал бы рекомендовать, поскольку он сильно специфичен (то есть, настройки существенно отличаются для предприятий с разной спецификой) и наврядли может быть унифицирован. Полное ведение учета на счетах БУ и НУ, ПМСМ, является более предпочтительным. Однако, у такого способа ведения учета тоже есть один нюанс, про который не следует забывать. Если бухгалтером вносятся корректировки в содержимое одного из учетов, он должен не забыть внести аналогичные корректировки и в другом учете. Некоторые технические приемы позволяют синхронизировать такие изменения. При работе "от документа", как это принято в 1С, корректировки вносятся в документ, а не в проводки, после чего документ "перепроводится" - удаляются ранее сделанные проводки и выполняются повторно, как на счетах БУ, так и на счетах НУ. В ИНФИНе такая схема тоже работает, и работает корректировка ранее выполненной "стандартной операции", которую можно "перепрогнать", откорректировав ранее введенные данные (в том числе непосредственно в проводки) таким образом, чтобы автоматически пересчитались и перезаписались данные, зависимые от введенных. "Автоматические операции" просто удаляют ранее сделанные проводки и затем уж формируют их повторно.