Bag09, для вас есть несколько вариантов:
Использовать единую систему на 1С для всего. Вариант возможен, если 1С способна потянуть ваши задачи.

Использовать единую систему, но не 1С. Тогда начинается выбор из многих систем, в которых есть и решение для ваших специфических задач, и ведение российской бухгалтерии.

Использовать связку из двух систем (то есть тот вариант, о котором Вы писали в первом сообщении).
На мой взгляд, в третьем варианте лучше использовать подход, при котором вся основная деятельность ведётся в "ERP" (условно) системе, а далее необходимые данные экспортируются в 1С, которая в этом случае служит только для формирования бухгалтерской и налоговой отчётности, то есть фактически генератор отчётов.

Дело в том, что производственная деятельность, которую вы хотите выделить отдельно, тесно связана, с одной стороны, с логистикой (как минимум для правильного планирования производства надо знать текущее состояние склада и изготовленная продукция вместе с НЗП должны попадать на склад, не говоря уже о многих других вещах, например, расчёте себестоимости). С другой стороны, в финансовом учёте необходимо отражать производственную деятельность. Всё это приводит к тому, что та интеграция, о которой Вы думаете, вызовет больше проблем, чем даст преимуществ.
В то же время подход, при котором 1С является генератором отчётности, значительно упрощает жизнь: интеграция только односторонняя, в сторону 1С. Бухгалтерия счастлива, потому что может делать всё, что их душам угодно. Реальная жизнь видна в "ERP" системе, в которой и отражается вся деятельность предприятия. При таком подходе можно убрать кавычки от аббревиатуры ERP, это будет уже полноценная система без скидок.

Когда лучше использовать 1С для ведения бухгалтерии отдельно? Вы правильно заметили, что это не очень удобно, но такой вариант предпочтителен, например, когда велики различия между управленческим и бухгалтерским учётом. В том случае, если такие различия незначительны, можно вести БУ в единой системе.
Есть вариант, когда под "производственной деятельностью" понимается только планирование производства. В этом случае тоже требуется двусторонняя интеграиция с 1С, но этот вопрос решается проще, так как задача более узкая.

Исходя из всего вышесказанного, я бы на вашем месте сделал следующее:

Постарался бы понять, чем не устраивает 1С. Если все устраивает, то внедрял бы её.

Если 1С не решает какие-то узкие задачи, то основную деятельность вёл бы на 1С, и искал бы решение этих узких задач.

Если 1С не устраивает много в чём, то надо понять, возможно ли в принципе ведение в одной системе управленческого и бухгалтерского учёта (не привязываясь к конкретной системе, а опираясь только на особенности предприятия). далее, если это возможно, то искал бы систему, которая в целом позволит предприятию вести там деятельность, если нет, то рассматривал бы вариант связки ERP-1С, при котором 1С выступает только в роли генератора отчётности.