Max-xaMКогда в торговую точку со склада отправляется накладная, то в регистре добавляются строки по этой точке.
Потом от точки каждый день приходит отчет о продажах.
1С "вычитает" количество проданного из остатков в ПартииНаличие.
Все товары уникальны, т.к. партийный учет. После продажи под ноль на складе больше не будет такой партии - только следующая.

В итоге в этом регистре сейчас туева хуча строк с остатком НОЛЬ.

Можно ли их удалить средствами скуля?
1С не умрет после этого?
Сделайте пересчет итогов через тестирование и исправление (в режиме "конфигуратор"), и нулевые остатки уйдут.