Где-то в степи,

ГУИДы есть в большинстве таблиц 1С в виде колонки _IDRRef и она является первичным ключом.

Что вы имеете в виду под "пересоздать все первичные ключи в таблица в виде гуидов" ?
Вместо одних ГУИДов сгенерировать новые? Массово нет, разве что отдельные элементы перечислений и справочников при обновлении, в принципе, могут быть удалены и созданы заново. Это относится к логике обновления с релиза на релиз.
Возможно что-то подобное было где-то на рубеже переходов 8.0-8.1 (или 8.1-8.2), когда менялся формат базы и делалось её конвертирование.

А вот если вы отредактируете таблицу средствами SQL и сделаете первичным что-то иное кроме 1Сного ГУИДа, тогда да, с большой вероятностью 1С приведёт первичный ключ и индексы к нужному ей состоянию.

Где-то в степи,

как быть в таких случаях с репликационными данными в контексте целостности, если у справочников на одной стороне
поменяется idrref?
С целостностью в рамках базы 1С всё нормально. Даже если при обновлении какие-то устаревшие записи в таблицах удалятся и создадутся вместо них другие, процедуры обновления в режиме Предприятия соответственно внесёт изменения в другие таблицы (справочники, документы итд).
А что касается реплицированных данных в других базах, то за них несёте ответственность вы сами. Перед каждым обновлением изучайте, что именно обновление сделает, оценивайте необходимость внесения аналогичных изменений в реплицируемые базы.
В конце концов, используя репликацию, вы нарушаете лицензионное соглашение, используя доступ к базе 1С не средствами 1С.
1СВопрос: Для реализации своих задач Организация предполагает изменить структуру некоторых таблиц базы данных. Также предполагается использовать хранимые процедуры и триггеры для реализации обработки данных, реализовать экспорт данных путем прямого чтения таблиц, добавить новые индексы и изменить структуру некоторых индексов. Имеет ли Организация право вносить в систему перечисленные изменения?
Ответ: Лицензионное соглашение не позволяет использовать недокументированные фирмой "1С" средства для построения решений на платформе 1С:Предприятие. Это означает, что средства СУБД (или любые другие внесистемные средства) можно использовать только в том случае, если документация по продуктам линейки "1С:Предприятие" (включая ИТС) содержит явную рекомендацию использовать данное средство для решения данной задачи.

Где-то в степи,

Да вы не парьтесь так. В конце-концов, GUID - единственный универсальный внутренний идентификатор логической сущности в базе 1С. И все 1Сные обмены данными работают через него. А этих обменов немало - практически любое решение 1С имеет возможности обмена с другими. Так что, с большой вероятностью, ничего с вашими GUIDами не сделается.
А если и сделается, это будет редкий форсмажор, от которого нельзя застраховаться при обновлении любого продукта. Везде бывает. Бах, и какие-то функции из WinApi исчезли в новой версии винды. Бах, и в очередной версии MSSQL испарились системные таблицы, заменившись на вьюхи. И так далее.

Где-то в степи,

А отслеживать, что меняется в структуре базы при обновлении 1С все равно очень желательно. Базовые таблицы, такие как номенклатура и контрагенты, всё равно будут как сущности, но вот для какой-нибудь мелочи типа, условно говоря, ставок НДС, запросто может быть замена перечисления на регистр сведений и тому подобное.