При работе с переносом данных из одной системы в другую как правило ВСЕГДА возникает вопрос трактовки данных. При моем скромном опыте в 7 лет у меня ни разу не было такого, чтобы написали прогу по переносу - и все сразу перенеслось - возникают исключение, различные интерпретации данных. Я бы рекомендовал писать обработчик самому и садить буха рядом, чтоб он знал что это и почему. Такой обработчки чтения из текста с создание документа пишется за час реального времени. Остальное - это те ифы, по которым надо делать что-то другое, а вот это уже может и на недельку другую работы потянуть.

Как присвоить комментарию хотя бы первую строку в документе!!

Что имеется в виду ?
Док.Комментарий=Что-то ?
причем здесь хотя бы первая строка ?

Кажись данный алгоритм вообще работать не должен никак.
Я бы писал что-то типа такого.

Т=СоздатьОбъект("ТаблицаЗначений");
//Определяем колонки с типами, типы надо задать как в конфигураторе, тогда вопросов не будет потом
// Заполняем значениями из строки с поиском номенклатуры по справочнику и другое.
// Сворачиваем таблицу по документу, номенклатуре - проверяем есть ли в одном документе одинаковая номенклатура с разной ценой. - по желанию.
// Сортируем таблицу по номеру документа/дате документа
// Создаем первый документ и начинаем
// Открываем выборку по таблице значений
// Идем в цикле по таблице значений, проверяем каждый проход на номер документа - если новый - создаем новый документ, иначе = создаем строку документа.
// Документ перед созданием нового - записываем.