начинаю загружать dt-файл и в конце загрузки абсолютно разные и типовые и написанные с нуля конфигурации выдают такую ошибку
Отличие sql версии в том что некоторые части кода могут выполнятся на сервере
(см в коде конструкции вида
#Если Сервер Тогда
#КонецЕсли
)
Так же на общих модулях есть галочки (типа код клиент/сервер)

В файловой версии эти конструкции просто пропускаются.

возможно проблема в галочках. (смущает что типовая не работает.. может она всё-таки правилась как-то? - поддержка снята? - если да - сравни с конфигурацией поставщика..)

собственно насчёт типовой и дописаной разницы нет именно индексы сервера слетели

Не путайте себя:-).
это неправильная конфигурация. т.е. она при разработке написана неправильно.
ссылочная целостность не причём.
что вы подразумеваете под типовой - я не понимаю. вероятно это не типовая, а изменённая кем-то! (чтож вы от нас то хотите тогда? :-))

Необходимо проверить синтаксис всей конфы(есть такая возможность в конфигураторе) и исправить полученные ошибки. логику исполнения на клиенте / или на сервере должен разбирать программист.
по отладке прошёл до ошибки до другой функции 1С8.0 "предупреждние"
это ошибка программиста, он в серверном коде надо заменить на "сообщение"

или же всё таки как было мнение со стороны попробывать сначала конвертнуться до платформы 1С8.1
это не исправит ошибки.