Kniznik, Вы описываете случай, когда в учетной политике способ оценки товаров в рознице – по продажной стоимости. Обратите внимание на тип склада-отправителя. Наверняка он оптовый, а перемещение Вы делаете на склад с типом розничный. В этом случае как раз и происходит накрутка наценки. Если бы оба склада были оптовыми, накрутки бы не было.

safi72,
А вообще на наценку не смотрите. Способ реализации продукции зависит от установки в учетной политике, упомянутой выше. Схема поступления на розничный, перемещение на розничный или оптовый должна вас устроить. Последнее звено в этой цепи должно быть подразделение с типом НТТ (Неавтоматизированная торговая точка). Здесь товар переходит в деньги и можно с этого подразделения принимать выручку. Цены будут розничные.