1. если у Вас терминальный сервер и СКЛ сервер крутятся на одном железе, то разнесите их по разным железякам.
2. периодическая 100% загрузка процессом 1С77 скорей всего связана с логикой работы 1с, а именно когда один пользователь заблокировал таблицу (скорей всего это _1sJourn), и процесс второго пользователя в этот момент тоже хочет получить к ней доступ 1с эту попытку доступа повторят с очень большой частотой до тех пор пока не получит доступ или не отвалиться по таймауту (известное узкое место 1с)
если есть возможность понаблюдайте такую ситуацию на отдельном клиенте 1с (не в терминалке, а что бы 1с работала на отдельной персоналке) в многопользовательской системе у этого клиента периодически процессор будет под 100% ...


Почитайте здесь
http://www.softpoint.ru/article_id1.htm
прежде чем такое реализовывать самостоятельно, очень рекомендую разобраться досконально в этом вопросе иначе может поехать бизнес логика или обратиться к профессионалам.