НДС по ставке 0%, в соответствии с законодательством РФ, используется для операций экспорта. Такие операции считаются ОБЛАГАЕМЫМИ НДС . Однако, к этим операциям применяются разные ставки - либо 0% (типа, облагается, но по ставке 0% - платить ничего не нужно), либо 18%, в зависимости от того, в какие сроки получен документ о пересечении товаром таможни.
Возможно, Вас удивляет, зачем вводить ставку 0% для операций, которые считаются облагаемыми НДС. Так это для того, чтобы такие операции отражались в отчетности по НДС и чтобы ИФНС могла бы проверить сроки подтверждения ставки 0% (если сроки не подтверждены, то должна применяться ставка 18%).

Для операций, не облагаемых НДС (в частности, когда поставщик на УСН), должно указываться "Без НДС".

У вас - третий случай. НДС от поставщика есть. Но, поскольку вы сами безНДСники, вы не ведете раздельный учет НДС и товара, поэтому включаете НДС в стоимость товара (работ, услуг). Правильно оприходовать товар от ООО вы должны, указывая ставку 18%, но при этом одновременно установив галочку "НДС включать в стоимость".