Шифрование вирусов - это серьезно :).

Касперский как-то опубликовал статью, что на NTFS (или EFS не помню точно) возможно создание принципиально новых вирусов, но связано это не шифрованием а с тем, что в этих файловых системах используется несколько потоков, для записи доп. атрибутов файлов.
NTFS не шифрует файлов, эта возможность есть EFS в w2000. Обнако это не поможет от вирусов, дешифрация обычно происходит прозрачно для пользователя, да и уничтожить файл можно без его расшифровки.
Защита в NTFS основана на атрибутах безопасности, хранящихся в свойствах файлов, т.е. если пользователь не имеет прав на конкретный файл, то и вирус запущенный от имени пользователя ничего с этим файлом ничего сделать не сможет.