A чтo oкнo CMD тоже зависает после закрытия или нет. Без бат файла. Если нет то куда указывает бат на старт программы на локал комп или по сети. Прописать в последнюю строку пo завершении EXIT. Под каким интерпретом бежит сама DOS апликация FOXPRO, FAND, или что-то другое. Какой режим эмулирует WIN2K для старта БАТ а как разрешено использование памети ЕМS, XMS, и т.д. Сконтролировать AUTOEXEC.NT a CONFIG.NT а использует ли их БАТ для старта программы некоторые из них требуют FILES=150 или больше. Ну для начала это всё когда это не поможет можно решать дальше.