ежели по уму, то сначала ручками перераспределите fsmo-роли по другим контроллерам и далее демонтируйте уже бывший главный стервер ...
впрочем вопросов есть: где находится днс-стервер, рутовый домен или детёныш, есть ли винс-сервера, наличие эксченжа, а также софта, в котором могут быть ссылки на убиваемый сервер ...
я бы попробовал притушить стервер на часок, ghostом копирнул бы системный диск стервера на новый и поднял новый стервер на образе системы старого, поправив настройки тспип, которые скорее всего пропадут ... чаще всего это самое простое решение ... но если уж железки сильно отличные, то можно попробовать освежить старый образ ... ежели не прокатит, то придёцца длинным путём топать ...

перечитал ... уточните: новый стервер буит или останутся только два сервера домена ?

rrrrrrrrrrВидимо, это о repair-установке. Тоже проверенный вариант, когда синий экран после клонирования. Загрузиться с установочного диска и проинсталлить (repair exesting installation). Только вот фиксы-патчи слетают :( Поновой многое качать приходится.
именно так ... а нащёт качания не пнял, вы удаляете патчи после их установки ? вообще проще всего поднять sus(wus) и забыть про ручное пропатчивание, прописав политику апдейта в домене ...