А почему powershel не используется? С такой задачей он легко справится.

Если $file - это действительно файл - экземпляр System.IO.FileInfo (и не действительно каталог: System.IO.DirectoryInfo), то он имеет свойство Directory, которое является экземпляром DirectoryInfo, который имеет Name

$file |
copy-item -destination {
Join-Path C:\ArchiveCopy\ -childpath ($_.Directory.Name + "_" + $_.Name) }
(Использование конвейера для запуска, поскольку параметр -LiteralPath Copy-Item будет привязан к свойству PSPath из конвейера, поэтому нет необходимости вытаскивать исходное имя файла из объекта $file.)

Если $file может быть каталогом, то вам нужно выполнить большую часть работы самостоятельно, но, вероятно, проще сначала отфильтровать каталоги:



dir -r -path C:\StuffToCopy\ |
where { -not $_.PSIsContainer } |
copy-item -destination {
Join-Path C:\ArchiveCopy\ -childpath ($_.Directory.Name + "_" + $_.Name) }
Примечание:

Не нужно сохранять все объекты файла, а затем перебирать их: пусть конвейер выполняет цикл
Не нужно -i "*.*": это по-прежнему по умолчанию (и если вам нужно фильтровать файлы по шаблону подстановки, выберите параметр -filter pattern: фильтр передается в файловую систему, а не создает объекты .NET, а затем фильтрует они намного медленнее, если файлов много).