Если не лезть в реестр и т.п., то можно сделать так:
- назначаем жестко системой имена (одному, например, X:, другому - Y:)
- на диски закидываем авторан, исполняющий скрипт (на чём напишете - без разницы, хоть прямо cmd-файл запускайте):
-- для X: subst z: x:\
-- для Y: subst z: y:\
- после подключения работаем с диском Z:
- отключение тоже производится только обращением к Z: subst z: /d , можно команду закинуть хоть в ваш скрипт, хоть в отдельный скрипт на каждый из дисков...

Правда, есть одна тонкость - я тут вам команды расписывал под Win-сервер.
Если сервер на никсах - думаю, догадаетесь сделать таким же образом софтлинки?

usb hddне могу понять, как сделать, чтобы autorun автоматом запускалсяМожно и это настроить, но зачем? Можно жеmiksoftв копирующем скрипте сначала пробуете подмонтировать одно имя, а затем, в случае неудачи, другое имя на одну и ту же букву дискаИсполните обе команды - какая-нибудь смонтирует диск на Z: