Естественно. Это же не пользователи домена.
Да и вообще, поскольку вы будете разворачивать инфраструктуру AD, вы же всё равно на КД заведете пользователей, будете вводить станции в домен, будете настраивать группы... И проблема доступа к этому вашему standalone-серверу будет маленьким телодвижением по сравнению со всем останым. Каким телодвижением - вам уже сказали. И действительно, если у вас права доступа у разных пользователей различались - придётся заново настроить. Впрочем, если это были просто пользователи для RDP - то проблема минимальна.

С другой стороны, если у вас тот сервер так и останется терминальным сервером - то проблем никаких нет (если удаленным юзверям ресурсы домена сразу не нужны). Пусть так и продолжают заходить под именами локальных пользователей терминалки. Ведь перенаправление-то у вас все равно будет на тот сервер, а не на КД... А если юзеру сразу внезапно ещё и из домена что-то понадобится - так пускай авторизуется в домене уже из терминальной сессии.