Процент выполнения ребилда смотреть либо в БИОСе контроллера (но это не всегда), может можно посмотреть через командную строку, стопроцентно можно через графическую утилиту, но нужна загруженная ОС (винда (можно лайвсиди) или никсы).
Так что дерзай..
Как вариант загрузись с норм дистриба винды и проверь логический раздел (где винда) на ошибки.

Автор, проверь уже логические диски встроенной утилитой виндовой (третий раз пишу!)

Беспорядочно мигает - идет ребилд (перестроение данных). По остальной индикации сказать сложно, другие либо находятся в хот спаре, либо вне массива (jbod), либо ждут окончания ребилда, чтобы вступить рядовыми дисками в существующий массив, пока превентивно сбрасываются данные, либо идет фоновая инициализация диска.
Винду ставить можешь, но быстродействие дисковой подсистемы снижено (т.к винты заняты перестроением), ставится будет долго, ну и плюс повышенная нагрузка, если еще нагрузить, то могут и выйти из строя (ну это в худшем случае)).
Все зависит от критичности:
- не критично - жди пока отребилдится (увидишь по завершению индикации на винтах), если не найдешь процент выполнения в утилите и не дергай сервак, пусть стоит и продолжает свои операции перестроения
- критично: а) проверь разделы, попробуй грузануться б) проверка не помогла - ставь винду.

авторЕсли там есть еще один контроллер с которого можно грузиться, то воткнуть туда диск, поставить на него w2k3, подгрузить драйвера массива, ну и чекануть этим экземпляром массив....
Контроллер там еще один есть - на материнке обычные SATA порты - можно подключиться к ним, через обычный SATA интерфейс, главное чтобы питалово свободное было для винта. Но это стоит делать для того, чтобы как раз с лайв сиди не получается никак (хотя дрова интегрировать уже советовали), то поставить утилиту и смотреть прогресс ребилда (быстрее правда не будет), но примерно знать будешь, что и как.
А чекать логические диски можно из командной строки, просто загрузившись со стандартного диска винды в первоначальную менюшку.