Имею такую же ситуацию на Win2003 SE x86 R2 SP2. Вокруг него десяток серверов, ставились все с одного лицензионного дистрибутива. На всех остальных с журналом событий проблем нет, а на этом... Периодически (закономерность не подмечена) "файл журнала поврежден". Потом снова отображается. Если начать листать его до места ошибки - снова "файл журнала поврежден". Поэтому предположил, что сам файл журнала пишется вполне себе нормально, а вот MMC почему-то перестает читать его. При этом экспорт журнала в текстовый файл проходит успешно и там видно, что все события целы и пишутся постоянно. Решения проблемы не нашел, забил.
Вот такая история...