Народ, лучше забыть про дефрагментацию NTFS. Ничего хорошего это не приносит...

Вам же нужна единичная операция - неужели не найти запасного HDD? - скинете на него исходный диск, форматнёте разделы и запишете обратно... На порядок быстрее применения любой дефрагментации, особенно фоновой.

velfimov"единичная операция"? расскажите поподробней как это делать на "живых" данных?
на счет более быстрой операции это вообще от лукавого, т.к. дефрагментированы порядка например 30% файлов, а копировать предлагаете все 100%
ТС однозначно указал, что "Теперь необходимости хранения такого количества файлов и их записей в MFT нет и хочется перенести записи оставшихся файлов в изначальные фрагменты MFT, а вновь выделеные фрагменты MFT удалить." Один раз...
А причём здесь "живые данные"? - операция поточного копирования производится не из под рабочей системы, естественно, а на отдельной машине (или с LiveCD). При этом скорость определяется только характеристиками HDD на чтение/запись, в то время как дефрагментация будет всегда работать в фоне под ОС и обрабатывать в это время все прерывания; да и чтение/запись в одном разделе - это не шутка.
В качестве примера - попробуйте переписать, например, гиг 50 медиаконтента с одного раздела диска на другой раздел того же физического диска, а потом проделать эту же операцию, использовав отдельный диск в качестве промежуточного. У меня даже при "как бы двойной перезаписи" времени уходит раза в три меньше...