cheefbear,

На самом серваке Server 2003 к примеру:
Пуск -> Настройка -> Панель управления -> Администрирование -> Управление компьютером -> Локальные пользователи и группы -> Пользователи
Кликаем по имени нужного пользователя и в появившемся окне Свойства:Имя пользователя выбираем вкладку Среда . Активируем переключатель При входе в систему запускать следующую программу: и в текстовое поле Имя файла программы: вгоняем путь и имя экзешника 1С у меня её нет для примера даю 7zip "c:\Program Files\7-Zip\7zFM.exe" . Жмём кнопки Применить -> Ок . Всё теперь при терминальном входе обработанного подобным методом пользователя запустится выбранная программа. После её завершения сенс автоматически завершится. Надеюсь известно, что выбранный пользователь должен входить в группу "Пользователи удалённого рабочего стола".

А теперь малость западла.
Если программа, в вашем случае 1С имеет окна выбора или сохранения файла стандартного MS Windows API покроя, то через них используя контекстное меню можно запустить любое, а то хоть и все приложения. Можно скажем с Word-ом проэкспериментировать. Открывается Word как бы под терминалом, выбираем из меню Файл -> Открыть или Сохранить как , в имени файла ставим *.* и нажимаем Enter после чего лазя по каталогам на ходим нужные нам exe-шники и на зло админу запускаем их через контекстное меню, напердоливаем ему на сервак диких вирусов или творим иные пакости в рамках прав учётки. А посему запуском прямо указанной программы, даже в учётках на серваке не отделаться, надо закручивать и другие гайки.... туго.... на шее пользователя :)

Прога XP Tweaker тоже неплохо ограничивает запуск программ и не только это может, поддерживает работу и с Server 2003, в сочетании с политиками полный олрайт.