густьникто так и не нашел ответа? у меня такая же ситуация, с оперы и эксплорера закачивает файлы а через flashget не хочет. настройки прокси на флашгете поставил такие же как и в эксплорере. строку юзер-агента тоже стоит типа internet explorer 5.x . что делать, помимо того как спросить у админа, незнаю. но это сложно.
во флэшгете помимо создания профиля прокси нуно ещё его приаттачить к протоколам закачки (http ftp) ... это сделано ?
ну и при фтп-закачках опцией пассивный/активный мона побаловаться, тк фирвол может запрещать создание портов извне (активный) ... пассивный - режим а-ля веб-браузер ...