Я бы еще порекомендовал сначала удалять в сеансе все ком порты. Вот моя последовательность, благодаря которой удалось решить проблему подключения:
1. В настройках служб терминалов переходим в подключения и в свойства RDS-Tcp выбираем закладку параметры клиента СНИМАЕМ галку с сопоставление COM-портов.
2. Пишем батник:
net use /delete com1
net use /delete com2
net use /delete com3
net use com3: \\tsclient\com2
Диск:\Путь\програмка_сканера
Я удалял именно три порта, по другому у меня сканер не пробрасывался, потом прокидывал COM2, в этот порт воткнут сканер на клиентской машине и цеплял его к COM3 на терминале.
3. Батник в автозагрузку или кнопкой в 1С, кому как удобней, у меня стоит в 1С, так как пользователю запускается в терминале только 1С и более ни чего не позволено.
4. Перед заходом в терминал у клиента мапим COM порт.
Перед всем этим действом обязательно должен стоять драйвер на клиентской машине, проверьте, что бы сканер нормально работал локально.
Пробуйте. ;)