Ну его, этот Messenger Service...
батникecho WScript.Echo "Сервер вырубается!" >> \\server\admin$\system32\mess.vbs
c:\pstools\ psexec \\server -i WScript.exe %windir%\system32\mess.vbs
del \\server\admin$\system32\mess.vbs /f /s /q

Даже так:
батник
echo WScript.Echo "Сервер вырубается!" >> \\server\admin$\system32\mess.vbs
c:\pstools\ psexec \\server -i WScript.exe %windir%\system32\mess.vbs
del \\server\admin$\system32\mess.vbs /f /s /q
там, где красным - поменяйте на имя клиента, который должен получить сообщение. Если у вас нет домена, придется вписывать еще и -u adminname -p adminpassword в параметры запуска psexec

если всем, то придется в групповой политике членов домена изменить тип запуска службы Messenger на auto, дождаться, пока обновится политика (какой у вас интервал обновления?), после чего:
net send /DOMAIN:domainname "Все курить! Сервер вырубается!!!"

По идее все равно, я вторым пользуюсь, /users не проверял.

shutdown /m \\server /f /p

там в любом случае надо указывать параметр, отвечающий за force running applications to close, в случае с shutdown.exe это /f
А то какой-нибудь несохраненный .doc может приостановить весь процесс :)

cmd.exe
C:\>shutdown /?
Usage: shutdown [/i | /l | /s | /r | /a | /p | /h | /e] [/f]
[/m \\computer][/t xxx][/d [p:]xx:yy [/c "comment"]]

No args Display help. This is the same as typing /?
/? Display help. This is the same as not typing any options
/i Display the graphical user interface (GUI).
This must be the first option
/l Log off. This cannot be used with /m or /d option
/s Shutdown the computer
/r Shutdown and restart the computer
/a Abort a system shutdown.
This can only be used during the time-out period
/p Turn off the local computer with no time-out or warning.
This can only be used with /d option
/h Hibernate the local computer.
This can only be used with the /f option
/e Document the reason for an unexpected shutdown of a computer
/m \\computer Specify the target computer
/t xxx Set time-out period before shutdown to xxx seconds.
The valid range is 0-600, with a default of 30
/c "comment" Comment on the reason for the restart or shutdown.
Maximum of 127 characters allowed
/f Force running applications to close without forewarning users
/d [p:]xx:yy Provide the reason for the restart or shutdown
p indicates that the restart or shutdown is planned
xx is the major reason number (positive integer less than 256)
yy is the minor reason number (positive integer less than 65536)

Reasons on this computer:
(E = Expected U = Unexpected P = planned, C = customer defined)
Type Major Minor Title

U 0 0 Other (Unplanned)
E 0 0 Other (Unplanned)
E P 0 0 Other (Planned)
U 0 5 Other Failure: System Unresponsive
E 1 1 Hardware: Maintenance (Unplanned)
E P 1 1 Hardware: Maintenance (Planned)
E 1 2 Hardware: Installation (Unplanned)
E P 1 2 Hardware: Installation (Planned)
P 2 3 Operating System: Upgrade (Planned)
E 2 4 Operating System: Reconfiguration (Unplanned)
E P 2 4 Operating System: Reconfiguration (Planned)
P 2 16 Operating System: Service pack (Planned)
2 17 Operating System: Hot fix (Unplanned)
P 2 17 Operating System: Hot fix (Planned)
2 18 Operating System: Security fix (Unplanned)
P 2 18 Operating System: Security fix (Planned)
E 4 1 Application: Maintenance (Unplanned)
E P 4 1 Application: Maintenance (Planned)
E P 4 2 Application: Installation (Planned)
E 4 5 Application: Unresponsive
E 4 6 Application: Unstable
U 5 15 System Failure: Stop error
E 5 19 Security issue
U 5 19 Security issue
E P 5 19 Security issue
E 5 20 Loss of network connectivity (Unplanned)
U 6 11 Power Failure: Cord Unplugged
U 6 12 Power Failure: Environment
P 7 0 Legacy API shutdown

2Vlakis:
для рабочей станции вместо /p можно использовать -t 0

2автор: цель-то какая преследуется? Выкинуть насильственно? Тогда используйте либо
psshutdown -f -k -n 0 \\server
либо
shutdown -m \\server /f -s -t 0
Ключ f в обоих случаях обеспечивает принудительное завершение работы всех пользователей и их приложений.
Если хотите, чтобы они сами все позакрывали в терминале - так там есть опция для показа сообщения, да и таймаут можно поставить минуту (а потом - кто не успел - мы предупредили).