Я бы посоветовал установить между доменами доверительные отношения, думаю это решит проблему.
Это делается в оснастке "Active Directory Domains and Trusts"

Такие отношения нужно устанавливать на обоих доменах. Возможно вы что-то сделаи не так, попробуйте проделать операцию снова, и при этом по какому-нибудь мануалу, например с мелкософта

Creating External Trusts

You create an external trust when you want to establish a trust relationship between Windows 2000 domains that are in different forests, or between a Windows 2000 domain and a Windows NT 4.0 domain. An external trust relationship has the following characteristics:
• It is one-way. The trust must be established manually in each direction to create a two-way external trust relationship.
• It is nontransitive.
If you upgrade a Windows NT 4.0 domain to a Windows 2000 domain, the existing trust relationships remain in the same state.

-----
Если дела идут плохо, есть вероятность, что в ближайшее время они пойдут ещё хуже. :)

http://www.microsoft.com/technet/prodtechnol/windows2000serv/technologies/activedirectory/maintain/opsguide/part2/adogdapb.mspx#E6OBG

-----
Если дела идут плохо, есть вероятность, что в ближайшее время они пойдут ещё хуже. :)

на контроллере который по вашему мнению не видит другой делаем следующе:
должен выдать ИП DC того домена

-----
Если дела идут плохо, есть вероятность, что в ближайшее время они пойдут ещё хуже. :)

Нада рыть в сторону ДНС, т.к. явно видно что он находит совсем не то что надо. Возможно прописать в свойства на этом DC тот ДНС который явно знает про этот DC(который не виден).
Вообщем проблема явно в ДНС, ну и соответственно они оба должны видеть друг друга пингом :)

-----
Если дела идут плохо, есть вероятность, что в ближайшее время они пойдут ещё хуже. :)