С сотней компов пора домен подымать.

Централизованно управлять означает стремится к управлению с одного места. Домен для этого идеально. Раз есть бабки на 100 компов то и должны найти бабки и на сервер с доменом. Кучей рабочих групп можно управлять и обхаживанием от одной группы к другой раз они друг другу не мешают и не лезут то зачем тогда совместная сеть. Пусть и сидят себе каждая отдельно. Дайте каждой свой диапазон ИП адресов сведите их через свичи в одну комнату ну а там уже делайте как вам выгоднее или на каждую отдельный комп админам поставте или роутеры. Раз кабели тянули как хотели то в план развития внести переделку сети на стандартный вид иначе после вашего ухода любой прийдя на ваше место будет вас проклинать и рано или поздно к этому всё равно дозреют. Потому и пишем то, что есть два пути администрирования, один головой а второй ногами.