xcopy \\server1\fileshare1\*.* \\server2\fileshare2 /d
xcopy C:\folder\*.* d:\folder\ /d

Ну, это же и требуется: если в папке 1 сидят файлы А, Б, В, а в папке 2 - только Б, то скопируются из 1-ой во 2-ю только А и В.
Тут есть нюансы в плане даты создания, т.е. могут быть ситуации, когда заменяются идентичные файлы, но в большинстве случаев искомый эффект реализуется.

у меня такая система работает для копирования файлов слепков и бэкапов SQL-сервера на mobile-rack'и:
batfileREM copying to D on SERVER
xcopy "\\server1\c$\Program Files\Microsoft SQL Server\MSSQL\BACKUP\*.*" d:\sql\ /d /s
xcopy \\server0\g$\*.tib d:\ /d

REM to HomeHeld MobileRack
xcopy d:\sql\*.* f:\sql\ /s /d
xcopy d:\nincrement\*.tib f:\ /d
xcopy d:\*.tib f:\ /d

REM to OfficeHeld MobileRack
xcopy d:\sql\*.* h:\sql\ /s /d
xcopy d:\nincrement\*.tib h:\ /d
xcopy d:\*.tib h:\ /d - при этом все отрабатывает как надо. Думаю, ситуация стандартна?

Anatoly PodgoretskyА я бы посоветовал WSH он для этого и предназначен. Фраза с упоминанием WSH, при всех достоинствах последнего, бессмысленна без примера скрипта. Поскольку, в отличие от языка батников, он еще далеко не common knowledge.