WinXP, насколько я знаю, дефрагментирует диски при отсутствии активности пользователя в течении времени, указанного в параметрах экрана...

*.chk - файлы, создаваемые при проверке ошибок, их можно удалить...Есть подозрение, что файлы, мешающие дефрагментации, просто не нужны системе: дайте их список. Попробуйте для начала почистить диск (сначала в свойствах диска, затем по масам вручную - *.wrl, *.tmp, *.chk, etc. Кстати, по косвенным признакам, у вас FAT32? Конвертируйте в NTFS, это уже требование времени. Многие ошибки FAT не дают полноценно работать и "в лоб" не исправляются Windows. Насчет дефрагментации в режиме бездействия я поищу, где-то был материал.

http://www.donkeyhot.net/journal/no8/optim.asp
//---------------------------------------------------------------------------
Дефрагментация
В Windows XP появилась новая функция BootDefrag (или BootOptimize), суть которой заключается в следующем. Поскольку дефрагментация и оптимизация расположения на диске файлов, нужных системе во время загрузки, решающим образом влияет на весь процесс загрузки ОС, а пользователю часто лениво самому запускать дефрагментатор (не то чтобы даже часто, а почти всегда), то система теперь умеет сама - так сказать, без участия оператора - оптимизировать эти файлы, причем не как ей вздумается, а основываясь на данных все тех же файлов notosboot-B00DFAAD.pf и layout.ini. Правда, происходит автоматическая дефрагментация при простое системы - если пользователь 10-30 минут после загрузки ОС не производил никаких операций. А потому может случиться так, что на вашей интенсивно используемой системе файлы окажутся не оптимизированы. Проверить, произошла ли оптимизация, можно, заглянув в реестр - если в разделе HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\ Dfrg\BootOptimizeFunction стоит параметр "OptimizeComplete"="Yes", то дефрагментация была произведена. Если же этого пока не случилось, то просто перегрузите ПК и оставьте его минут на тридцать в одиночестве - Windows сама все сделает, и ускорение следующей загрузки будет заметно даже на глаз. Только запомните, что перед оптимизацией ПК со свежеустановленной ОС должен иметь в своем багаже хотя бы три перезагрузки для накопления нужных данных. Штатный дефрагментатор Windows XP не отменяет эту оптимизацию, так что пользоваться им можно без опаски. Если же вы сомневаетесь, работает ли вообще у вас эта функция, или хотите ее отключить, то проверьте в реестре наличие параметра, включающего BootDefrag: HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\ Dfrg\BootOptimizeFunction - параметр "Enable"="Y". В принципе, если система уже однажды оптимизирована и файлы на диске расположены должным образом, то вряд ли есть смысл оставлять эту функцию и дальше работающей - ее отключение может еще немного ускорить загрузку.
//----------------------------------------------------------------------------

Ну, до замены в любом случае стоит проверить дик покластерно хорошими сторонними утилитами - от Парагона до PQ. Имеет смысл скопировать данные куда-либо, удалить все разделы на диске, создать все разделы заново под NTFS.