Всплывающее окно приложения:  16 -разрядная подсистема MS-DOS : <все, что угодно>.EXE
config.nt. Системный файл не предназначен для выполнения приложений MS-DOS и Microsoft Windows. Для завершения работы приложения нажмите кнопку ''Закрыть''. 

С помощью FileMon обнаружил, что система пытается найти Command.com в корне C:\. 
[/quot]

Ты уверен, что система, а не приложение?
Кроме того выдай сюда распечатку консольной команды SET, а если возможно то это сделать из консоли той программы то и от туда.[/quot]

>>Ты уверен, что система, а не приложение?
Да. Приложения разные и на др. машинах они этого не делают.

>>Кроме того выдай сюда распечатку консольной команды SET

AUTOEXEC.nt и CONFIG.nt идентичны файлам на беспроблемной машине.

Это установки из cmd.exe
[src]ALLUSERSPROFILE=C:\Documents and Settings\All Users
APPDATA=C:\Documents and Settings\Администратор.ST2\Application Data
CLIENTNAME=ARB3
CommonProgramFiles=C:\Program Files\Common Files
COMPUTERNAME=ST2
ComSpec=C:\WINNT\system32\cmd.exe
HOMEDRIVE=C:
HOMEPATH=\Documents and Settings\Администратор.ST2
Files\Microsoft Visual Studio\VC98\lib
LOGONSERVER=\\ST2
NUMBER_OF_PROCESSORS= 1 
OS=Windows_NT
Os2LibPath=C:\WINNT\system32\os2\dll;
Path=C:\WINNT\system32;C:\WINNT;C:\WINNT\System32\Wbem;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\ 80 \Tools\Binn\
PATHEXT=.COM;.EXE;.BAT;.CMD;.VBS;.VBE;.JS;.JSE;.WSF;.WSH
PROCESSOR_ARCHITECTURE=x86
PROCESSOR_IDENTIFIER=x86 Family  6  Model  6  Stepping  5 , GenuineIntel
PROCESSOR_LEVEL= 6 
PROCESSOR_REVISION= 0605 
ProgramFiles=C:\Program Files
PROMPT=$P$G
SESSIONNAME=RDP-Tcp# 3 
SystemDrive=C:
SystemRoot=C:\WINNT
TEMP=C:\DOCUME~ 1 \АДМИНИ~ 1 .ST2\LOCALS~ 1 \Temp\ 1 
TMP=C:\DOCUME~ 1 \АДМИНИ~ 1 .ST2\LOCALS~ 1 \Temp\ 1 
USERDNSDOMAIN=mp.dpt.ustu.ru
USERDOMAIN=MP2000
USERNAME=main
USERPROFILE=C:\Documents and Settings\Администратор.ST2
windir=C:\WINNT

COMSPEC=C:\COMMAND.COM
ALLUSERSPROFILE=C:\DOCUME~ 1 \ALLUSE~ 1 
APPDATA=C:\Documents and Settings\Администратор.ST2\Application Data
CLIENTNAME=ARB3
COMMONPROGRAMFILES=C:\PROGRA~ 1 \COMMON~ 1 
COMPUTERNAME=ST2
HOMEDRIVE=C:
HOMEPATH=\Documents and Settings\Администратор.ST2
LOGONSERVER=\\ST2
NUMBER_OF_PROCESSORS= 1 
OS=Windows_NT
OS2LIBPATH=C:\WINNT\system32\os2\dll;
PATH=C:\WINNT;C:\WINNT\System32
PATHEXT=.COM;.EXE;.BAT;.CMD;.VBS;.VBE;.JS;.JSE;.WSF;.WSH
PROCESSOR_ARCHITECTURE=x86
PROCESSOR_IDENTIFIER=x86 Family  6  Model  6  Stepping  5 , GenuineIntel
PROCESSOR_LEVEL= 6 
PROCESSOR_REVISION= 0605 
PROGRAMFILES=C:\PROGRA~ 1 
PROMPT=$P$G
SESSIONNAME=RDP-Tcp# 3 
SYSTEMDRIVE=C:
SYSTEMROOT=C:\WINNT
TEMP=C:\tmp
TMP=C:\tmp
USERDNSDOMAIN=mp.dpt.ustu.ru
USERDOMAIN=MP2000
USERNAME=main
USERPROFILE=C:\Documents and Settings\Администратор.ST2
BGI=c:\bp\bgi
BATDIR=C:\com